Библиотека ИФР организована в 1961 году. В 1973 году было завершено строительство корпусов института на Ботанической улице, и весь институт смог переехать с Ленинского проспекта по новому адресу. Библиотека находится в 3-м корпусе института на 2-м этаже.
Фонд будущей библиотеки ИФР начал формироваться с 1890 года, когда академик А.С. Фаминцын стал основателем и первым директором кабинета с лабораторией по анатомии и физиологии растений при Императорской академии наук. В 1934 г. лаборатория была преобразована в Институт физиологии растений.
Директорами института последовательно были А.А. Рихтер, А.Н. Бах, Н.А. Максимов, А.Л. Курсанов, А.Т. Мокроносов. В настоящее время директором ИФР является член-корреспондент РАН Владимир Васильевич Кузнецов.
При переезде библиотеки ИФР в здание на Ботанической улице большая часть библиотечного фонда до 1972 года осталась на Ленинском проспекте в библиотеке Отделения биологических наук (ОБН). Поэтому большинство книг библиотеки ИФР издано начиная с 1970-х годов, некоторые журналы есть более ранних годов выпуска, начиная с 1960-х годов, более ранние – в качестве исключения. В настоящее время фонд библиотеки насчитывает более 53200 единиц хранения, из них более 35800 единиц хранения – это зарубежные издания, из них более 34800 – журналы. Более 800 диссертаций сотрудников ИФР хранятся в библиотеке. Кроме того, на площадях библиотеки размещены порядка 30 тысяч препринтов — оттисков журнальных статей, переданных в 1975 г. из библиотеки ОБН, и авторефератов диссертаций.
В читальном зале имеется компьютер со всеми электронными доступами, предоставляемыми БЕН РАН. Читатели пользуются этими новыми способами получения информации. Читателей из числа сотрудников, докторантов и аспирантов ИФР – около 200 человек. Библиотека ИФР является отделом Библиотеки по естественным наукам РАН и комплектуется БЕН РАН централизованно.
